Istoria Bisericii Franciscane Intravilane din Budapesta porneşte din secolul al XIII-lea, când pe situl ocupat de actualul locaş de cult era construit edificiul franciscan original. Însă, biserica (şi mănăstirea) medievală a fost distrusă în timpul invaziei otomane, la începutul secolului al XVI-lea. Edificiul a fost ulterior construit de călugării franciscani, însă privat de funcţia sa iniţială de locaş de cult catolic, fiind transformat în moschee.
Actuala stare a bisericii este rezultatul lucrărilor de restaurare desfăşurate în timpul secolului al XVIII-lea, când edificiul a câştigat, în ceea ce priveşte particularităţile sale arhitecturale, o calitate barocă care scoate structura în evidenţă în peisajul arhitectural înconjurător.
Regimul comunist a adus şi el alte 4 decenii de obscuritate pentru biserică, însă cu începere din 1990, edificiul este un locaş de cult complet funcţional.